Você assume o papel de Adam Jensen, um ex-especialista da SWAT que foi escolhido a dedo para acompanhar os sistemas de proteção de um laboratório de pesquisas em biotecnologia dos Estados Unidos. Seu trabalho é proteger os segredos da empresa, mas quando agentes da inteligência secreta invadem o local e matam os próprios cientistas que foram contratados para protegê-lo, tudo o que Jensen pensava saber sobre seu trabalho sofre uma mudança drástica. Gravemente ferido durante o ataque, Jensen não tem escolha a não ser usar a cibernética para alterar seu corpo. Numa época em que os avanços científicos estão transformando atletas, soldados e espiões em seres mais fortes e completos, há alguém trabalhando arduamente para garantir que a evolução da humanidade siga um caminho particular. Você precisa descobrir que caminho é este. As decisões tomadas e as escolhas feitas serão as únicas formas de determinar o futuro da humanidade.